Все проблемы с удалением файлов и отключением USB винта, как оказалось, были вызваны ненавязчивой услугой от TortoiseSVN, которая вместо того, чтобы делом заниматься, сканировала ВСЕ диски и искала чего на них поменялась для того, чтобы угадайте...